Göttweig gewinnt bald an Einfluß: So ist der erste Abt Hartmann (1094-1114) gleichzeitig Abt von St. Lambrecht in der Steiermark, St. Ulrich und St. Afra in Augsburg und Fürstabt von Kempten im Allgäu. Von Göttweig aus werden neue Klöster besiedelt: 1107 Garsten und 1116 Seitenstetten.

Im 12. Jahrhundert nimmt die österreichische Annalistik in Göttweig ihren Ausgang. Vor allem die "Vita Altmanni" sowie andere hier entstandene Bücher sind heute wertvolle mittelalterliche Geschichtsquellen.

1382 erhält der Göttweiger Abt die Pontifikalien, 1401 wird das Kloster "exempt", also nicht mehr dem Bischof, sondern direkt dem Heiligen Stuhl unterstellt.

Im 15. Jahrhundert begann die zweite große Bauperiode, der gotische Neubau der Pfarrkirche zu Ehren des hl. Gotthard und der Stiftskirche, des Kreuzganges, der Klosterräume mit Refektorium und Dormitorium sowie der gotischen Burg, die die Einfahrt ins Kloster bewachte.

Von den mittelalterlichen Bauwerken sind auch heute noch Reste vorhanden (Erentrudiskapelle aus 1072, Alte Burg, Krypta und Chor der Stiftskirche).

Ab 1418 wurde das Kloster durch den Anschluss an die Melker Reform innerlich erneuert. Dennoch nahm die Zahl der Konventmitglieder immer mehr ab, die Schulden wuchsen, die Lehren Martin Luthers und anderer Reformatoren brachten Verwirrung und Ratlosigkeit, die Türkengefahr wurde immer größer. Unter Abt Matthias von Znaim (1516-1532) wird das Stift befestigt und kann so den Türkenstürmen von 1529 und 1532 widerstehen.  

1543 zählte der Konvent nur mehr sechs Mitglieder. Schließlich stellt 1561 ein kaiserlicher Visitationsbericht das Aussterben des Klosters fest: "Monasterium Gotwicense nullum habet religiosum"... das Kloster Göttweig hat keinen Mönch mehr.

1564 wurde der Melker Benediktiner Michael Herrlich (1564-1603) als neuer Abt eingesetzt - er gilt heute als zweiter Gründer des Stiftes. Trotz wirtschaftlicher Notlage (Klosterbrand 1580, Reformationszeit, Pest, geringe Anzahl von Mönchen) rettete er in seiner fast 40-jährigen Amtszeit die Kontinuität des Klosters.