Die Stiftskirche ist im Langhaus in ihrem Kern romanisch (aus der Bauzeit des Klosters, ein Vorbau aus dem 11. Jahrhundert ist nachgewiesen). Die Rekonstruktion der romanischen Anlage zeigte einen Achsknick.

Das über der Krypta erhöht liegende frühgotische Presbyterium wurde 1401 bis 1430 errichtet. Im 17. Jahrhundert und – nach einem Plan Johann Lucas von Hildebrandts zur Umgestaltung der Fassade aus dem ersten Drittel des 18. Jahrhunderts – wurde die Kirche weitgehend barockisiert. Die Stuckaturen (1665 bis 1681) sind von oberitalienischen Meistern verfertigt.

Das Hochaltarbild Mariä Aufnahme in den Himmel (1694) stammt von Andreas Wolff; der Hochaltar (mit Statuen von den hll. Petrus, Paulus, Gregor, Altmann, Katharina, Barbara und der Gottesmutter Maria), der mit Kanzel und Teilen des Orgelprospekts ein Ensemble bildet, von Hermann Schmidt (1639). Das intarsierte Chorgestühl fertigte Franz Staudinger 1766 an; die beiden Kaiserstühle (heute als Ambo verwendet) dürften schon etwas früher in derselben Werkstatt entstanden sein.

In den acht Seitenkapellen des Langhauses sind u. a. zwei Altarblätter des Martin Johann Schmidt zu sehen (Altmann-Altar und Benediktus-Altar in der südlichen Kapellenreihe).

In der Sommersakristei, südlich an das Presbyterium angebaut, befinden sich der ehemalige Hochaltar der Stiftskirche und in der dortigen Schatzkammer Paramente und liturgische Geräte, darunter Besonderheiten wie eine gotische Hostientaube, ein Jugendstil-Kelch und barocke Lederkaseln.

Der ursprüngliche Eingang in die Stiftskirche führte durch ein Südportal (mit Inschrift und Nischenmadonna aus dem Jahr 1668), das im 18. Jahrhundert vermauert und im Zuge der Errichtung des barrierefreien Zugangs 2010 wieder geöffnet wurde.

Die Doppelturmfassade wurde erst in den Jahren 1750 bis 1755 errichtet; die Turmhelme kamen nicht zur Ausführung, daher blieben die provisorischen stumpfen Kirchturmzeltdächer. Auch die unteren Fenster der Türme und die Uhren des Südturms sind nur aufgemalt.