Mittelalter
Göttweigs Bedeutung nimmt rasch zu. Von hier aus werden neue Klöster besiedelt: 1107 Garsten und 1116 Seitenstetten.
Ein im Seckauer Verbrüderungsbuch festgehaltenes Konventverzeichnis nennt Abt Johannes (1557-1174), 17 Mönche und 21 Nonnen.
Um 1250 wurde das Frauenkloster, deren bedeutendste Nonne und Bestifterin die Herzogin Gerbirg (+1042), eine Schwester Markgraf Leopolds des Heiligen, war, auf den Göttweiger Berg verlegt. In seinem Umfeld soll auch die Inklusin Ava (+1127), die erste Dichterin in deutscher Sprache, gelebt haben.
Im 12. Jahrhundert nimmt die österreichische Annalistik in Göttweig ihren Ausgang, Vor allem die "Vita Altmanni" sowie andere hier entstandene Bücher sind heute wertvolle mittelalterliche Geschichtsquellen.
1382 erhält der Göttweiger Abt die Pontifikalien, 1401 wird das Kloster "exempt", ist also nicht mehr dem Bischof, sondern direkt dem Heiligen Stuhl unterstellt.
Im 15. Jahrhundert begann die zweite große Bauperiode, von der heute noch vieles zu sehen ist: Krypta und Chor der Stiftskirche, ein Teil des Kreuzgangs und die Burg sowie der Chor der Kirche St. Blasien.
Die damals völlig neu gebaute Pfarrkirche St. Gotthard ist dem Stiftsbrand 1718 zum Opfer gefallen. Ihr Nachfolgebau wurde die 1993 geweihte Pfarrkirche St. Altmann in Paudorf. In der Zwischenzeit war die Stiftskirche auch Pfarrkirche.
Ab 1418 wurde das Kloster durch den Anschluss an die Melker Reform innerlich erneuert. Dennoch nahm die Zahl der Konventmitglieder immer mehr ab, die Schulden wuchsen, die Lehren Martin Luthers und anderer Reformatoren brachten Verwirrung und Ratlosigkeit, die Türkengefahr wurde immer größer.
Unter Abt Matthias von Znaim (1516-1532) wird das Stift befestigt und kann so dem Türkensturm von 1529 widerstehen, als 6.000 Streifscharen das Stift erfolglos belagern.
Der Konvent zählte 1514 noch 18 Mönche und 15 Nonnen.
Nach dem Tod von Abt Leopold Rueber lebte 1556 nur noch ein Mönch im Haus, das Kloster war am Ende und wurde dem Propst von Herzogenburg, Bartholomäus a Cataneis, unterstellt. Dieser schloss 1557 den noch aus sieben Nonnen bestehenden Frauenkonvent und verlegte ihn nach St. Bernhard bei Horn, wo dann 1582 die letzte Nonne starb. Dieser Konvent besaß seit 1508 eine mittelhochdeutsche feminisierte Benediktus-Regel, die 1992 erstmals gedruckt wurde.
Das Göttweiger Frauenkloster war wohl der älteste und am längsten bestehende Frauenkonvent eines niederösterreichischen Doppelstifts. Sieht man vom Sonderfall Geras-Pernegg ab, ist die Kirche St. Blasien die einzige heute noch bestehende Frauenklosterkirche eines Doppelstifts im Land unter der Enns.
1564 wurde der Melker Benediktiner Michael Herrlich (1564-1603) als neuer Abt eingesetzt - er gilt heute als zweiter Gründer des Stiftes. Trotz wirtschaftlicher Notlage (Klosterbrand 1580, Reformationszeit, Pest, geringe Anzahl von Mönchen) rettete er in seiner fast 40-jährigen Amtszeit die Kontinuität des Klosters.
